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南京Java软件开发人员外包费用由以下几个方面组成：

人才成本：包括开发人员的工资、社保公积金以及福利待遇等。这一部分通常占到报价的80%左右。

经营成本：包括招聘成本、管理成本、场地成本、辞退员工赔偿风险成本以及发票成本等。这一部分通常占到报价的15%左右。

利润：外包公司为提供服务和人才所收取的利润。

具体的外包费用会根据项目需求、人才技能水平、项目周期等因素而有所不同。在选择南京Java软件开发人员外包公司时，建议企业在了解外包公司技术实力和服务质量的基础上，详细询问报价和合同条款，以确保费用合理且透明。

至于加班费，一般来说，加班费的计算方式如下：

正常加班：在正常工作日之外的工作时间，按照员工正常工资的150%支付加班费。

休息日加班：在休息日（周六、周日）工作的时间，按照员工正常工资的200%支付加班费。

法定假日加班：在法定假日（如春节、国庆节等）工作的时间，按照员工正常工资的300%支付加班费。

需要注意的是，加班费的具体计算方式和支付标准可能因公司而异，具体条款应在劳动合同中明确规定。企业在与外包公司签订合同时，应详细阅读合同条款，确保自己的权益得到保障。